Ban Thư ký Hiệp ước Nam Cực được thành lập ở Buenos Aires, Argentina vào tháng 9/2004 trong một cuộc họp tham vấn. Ngài Jan Huber (Hà Lan) được chỉ định làm Thư ký điều hành đầu tiên cho nhiệm kì 5 năm đến hết 31 tháng 8 năm 2009. Ngày 1 tháng 9 năm 2009, ngài Manfred Reinke (Đức) được chỉ định là người kế nhiệm cho nhiệm kì 4 năm tiếp theo.

Nhiệm vụ của Ban thư ký Hiệp ước Nam Cực được chia thành các hạng mục sau:

• Hỗ trợ tổ chức các cuộc họp tham vấn thường niên và các cuộc họp của Ủy ban bảo vệ môi trường.
• Tạo điều kiện để các bên trong hiệp ước và nghị định thư về môi trường trao đổi thông tin.
• Tập hợp, lưu trữ, sắp xếp và công bố những tài liệu của các cuộc họp tham vấn thường niên.
• Cung cấp và phổ biến các thông tin chung về Hệ thống Hiệp ước Nam Cực và các hoạt động ở khu vực này.

Hiện tại, có 46 quốc gia sở hữu căn cứ riêng tại châu Nam Cực.